A madár picornavírusok elemzéséről szóló összefoglaló közlemény (Boros és mtsai., 2014b) elkészülte óta számos új, madarakból azonosított picornavírus teljes genomja is leírásra került. Ebben a bejegyzésben ezért szeretném röviden bemutatni az elmúlt közel egy évben leírt új madár picornavírusokat. Új madár picornavírusnak tekintem azt a teljes genommal rendelkező vírust, amely (i) egy új nemzetség első tagja, (ii) ismert nemzetség első, madárból azonosított tagja, vagy (iii) ismert nemzetség új fajának első tagja. Az összefoglaló közleményben bemutatott 17 madarakból azonosított picornavírus fajt alkotó legalább 21 különböző genotípus (Boros és mtsai., 2014b) mellett 4 új madár picornavírus teljes genomja vált ismerté. Ezeket a vírusokat szalakótákból (Coracias garrulus): szalakóta kobuvírus 1 (Roller kobuvirus 1 - ERKV-1), vörös vércsékből (Falco tinnunculus): falcovírus A1 (Falcovirus A1 - FaV-A1), illetve házityúkokból (Gallus gallus domesticus): orivírus A1 (Orivirus A1 - OrV-A1) házityúk picornavírus 2 (chicken picornavirus 2, ChPV-2) azonosították (Pankovics és mtsai., 2015; Boros és mtsai., 2014a, 2015; Lau és mtsai., 2014). Időközben az eddig csak részleges ismert genommal rendelkező házityúk gallivírus 1 teljes genomját is meghatározták (Lau és mtsai., 2014). Az öt új madár picornavírus mindegyike besorolható az eddig is ismert 5 madár filogenetikai klaszter (madár sapelovírus, megrivírus, passerivírus, avihepatovírus és tremovírus klaszterek) egyikébe (1. kép). Ez alól talán kivételt jelenthet a szalakóta kobuvírus 1, amely filogenetikai pozíciója (1. kép), és genom felépítése (L-3-3-4) alapján beletartozhat a passerivírus klaszterbe, azonban közelebbi szekvencia-rokonságot mutat az emlősökből azonosított kobuvírus nemzetség tagjaihoz - tekintve, hogy a Kobuvirus nemzetségbe tartozik -, mint a passerivírus klaszter madár picornavírusaihoz (Pankovics és mtsai., 2015). A kérdéses vírusról bővebb leírást találhatsz az előző bejegyzésemben. Annak eldöntésére, hogy a szalakóta kobuvírus 1 egy új madár klaszter első tagja, vagy az első madarakat is fertőzni képes emlős vírus, vagy a passerivírus klaszter távoli tagja, további rokon picornavírusok leírása szükséges. Az öt madár klaszter közül csak a megrivírus és a madár sapelovírus klaszter nem bővült új tagokkal. Emellett még mindig nem írtak le a Cardiovirus leszármazási vonalba tartozó madár picornavírust. Az új madár picornavírusok részletesebb leírására a későbbiekben kerül majd sor.

 

 

madarpvk-3d-aa-tree-2015-04-09.jpg

1. kép: A madár picornavírusok filogenetikai pozíciója. A hivatalos nemzetségnevek dőlt betűvel vannak szedve. Az eddig azonosított öt madár picornavírus klaszter (Boros és mtsai., 2014b) tagjait szürke háttér jelzi. Az elmúlt közel egy évben újonnan leírt madár picornavírusokat piros nyilak jelölik. Az új madár picornavírusok miatt kibővült klaszter-határokat zöld háttér jelzi. Azok a madarakból azonosított picornavírusok, amelyeknél felmerült az étrendi eredet (nem madár picornavírusok, hanem a madár által elfogyasztott prédaállat vírusai) csillaggal vannak jelölve.

 

Referenciák:

Boros Á, Pankovics P, Simmonds P, Pollák E, Mátics R, Phan TG, Delwart E, Reuter G. (2015). Genome analysis of a novel, highly divergent picornavirus from common kestrel (Falco tinnunculus): the first non-enteroviral picornavirus with type-I-like IRES. Infect. Genet. Evol. In press.

Pankovics P, Boros Á, Kiss T, Reuter G. (2015). Identification and complete genome analysis of kobuvirus in faecal samples of European roller (Coracias garrulus): for the first time in a bird. Arch. Virol. 160:(1) pp. 345-351.

Boros Á, Pankovics P, Adonyi Á, Phan TG, Delwart E, Reuter G. (2014a). Genome characterization of a novel chicken picornavirus distantly related to the members of the genus Avihepatovirus with a single 2A protein and a megrivirus-like 3’UTR. Infect. Genet. Evol. 28: pp. 333-338.

Boros Á, Pankovics P, Reuter G. (2014b). Avian picornaviruses: Molecular evolution, genome diversity and unusual genome features of a rapidly expanding group of viruses in birds. Infect. Genet. Evol. 28: pp. 151-166.

Lau SK, Woo PC, Yip CC, Li KS, Fan RY, Bai R, Huang Y, Chan KH, Yuen KY. (2014). Chickens host diverse picornaviruses originated from potential interspecies transmission with recombination. J Gen Virol. 95(Pt 9):1929-44.

Szerző: borosakos